1211 Eine Gruppe von Franziskanern bezieht auf Veranlasssung des Bischofs Otto v. Lobedeburg (1207 – 1223) noch zu Lebzeiten des Hl. Franziskus (1181/82 – 1226) Wohnraum beim St. Stephaner Tor und die nahegelegene Kirche St. Agnes, die an der Stelle der heutigen St. Michaelskirche stand. 1249 ziehen sie weiter zur Kapelle St. Valentin, wo sie ihre heute noch existierende Kirche bauen.

1250 Errichtung des Klarissenklosters bei St. Agnes durch Bischof H. v. Lobdeburg.

1257 Beginn des Baus der Konventsgebäude und einer größeren Kirche, etwa 1/3 kürzer als St. Michael heute.

Nutzung der St. Agneskirche durch die Beginen, deren Bartholomäusklause im heutigen Hofgarten an der B.-Neumann-Promenade lag.

1560 Aufhebung des Agnesklosters durch Bischof Friedrich v. Wirsberg

1561 Gründung eines "Pädagogiums" (Höhere Schule) durch denselben Bischof an gleicher Stelle. Ziel: Hebung des Bildungsniveaus, v. a. des Klerus. Die Institution geht nach kurzer Zeit und hoffnungsvollem Beginn ein (mangelnder Zuspruch, Pestepidemie …)

27.10.1567 17 Jesuiten beziehen die Gebäude und beginnen den Unterricht am neu eröffneten Gymnasium. Maßgeblich an der Gründung beteiligt waren neben dem Bischof der Jesuitengeneral Francisco de Borgia, Papst Pius V. und Petrus Canisius.

13.02.1570 24 Alumnen beziehen Wohnung im Haus "Zum Fresser", das zum dem Jesuitenorden übereigneten Gelände jenseits der Domerschulstraße gehört. Dort hat Fürstbischof Friedrich von Wirsberg entsprechend viele Freiplätze für ein Alumnat gestiftet.

Sommer 1582 Nach langwierigen ergebnislosen Verhandlungen mit dem Domkapitel über die Nutzung bestehender Gebäude lässt Fürstbischof Julius Echter mit den Bauarbeiten für ein Diözesanseminar auf dem Gelände des ehemaligen Ulrichsklosters beginnen. Dort entsteht das Kilianskolleg (heute: Ostflügel der Alten ?? Universität), den die Alumnen 1587 beziehen.

02.01.1589 Fürstbischof Julius Echter erlässt ein Rundschreiben über die Gründung eines Geistlichen Seminars in Würzburg. ("Gründungsurkunde" des PS Bezugsdatum der Jubiläen 1889 und 1989)

1604 Verleihung der Pfarrrechte an den Regens des Klerikalseminars

1607 Abriß des Agneskirchleins und Beginn des Neubaus der Kirche.

1610 Vollednung des Baus, der zur Nachgotik der Echterzeit zu rechnen ist.

1635-1640 Nach der Entvölkerung des Alumnats im Gefolge der Wirren des Dreißigjährigen Krieges wird das Seminar in das Juliusspital verlegt.

21.11.1640 Umsiedelung des Seminars in das im sog. Pfauenhof (Ecke Kettengasse / Domerschulstraße) gelegene Marianische Kolleg.

1655 Das Seminar bezieht wieder die alten, von Julius Echter erbauten Räume.

1689 Beginn des Baus eines Seminars neben der Pfarrkirche St. Peter und Paul. Das Collegium Petro-Paulinum wird 1693 zum Seminar, der Regens gleichzeitig Pfarrer der Pfarrei. Das Konzept der Verbindung von Pfarrseelsorge und Priesterausbildung bewährt sich nicht.

1703 Rückkehr der Alumnen in das Gebäude der heutigen Alten Universität, jedoch in verschiedene Räume des West- Nord- und Südflügels, da der Nordflügel von den Jesuiten belegt wurde.

1715-1719 Bau des Nordflügels entlang der Domerschulstraße unter Fürstbischof Johann Philipp Greiffenclau von Vollrads nach den Plänen von Joseph Greising.

1728-1731 Errichtung des sog. Regentenbaus nach Plänen von Balthasar Neumann.

1765-1798 Neubau der Michaelskirche unter Johann Philipp Geigel und Johann Michael Fischer

1773 Auflösung des Jesuitenordens durch Papst Clemens XIV.

Ab 1788 Abriss des Altbaus aus der Zeit von Julius Echter und Neubau des "Borgiasbaus" entlang der Neubaustraße

09.06.1789 Das PS bezieht unter Regens Andreas Fahrmann mit 77 Alumnen und 4 Konviktoren die Gebäude des ehemaligen Jesuitenklosters: "So ist dieses Haus, das von einem Kloster der Klarissen zu St. Agnes auf Betreiben des Petrus Canisius in ein Jesuitenkolleg verwandelt wurde, jetzt zum Klerikalseminar geworden, was Gott segnen möge. Amen." (Subregens Adam Joseph Onymus). Aus dem Hl. Ignatius über dem Haupteingang wird der Gute Hirte: "Man sieht, dass man aus einem Jesuiten alles machen kann." Neubezeichnung des Seminar und Anbringung der Inschrift: Seminarium pastorum bonorum sub magistro pastore bono. Übertragung der Pfarrrechte des Regens auf die Kollegskirche.

22.02.1802 Fürstbischof Karl Georg von Fechenbach inkorporiert die Gebäude des Seminars der Universität.

1805 Requirierung des Borgiasbaus für Universitätszwecke und als Sitz der Regierung des Untermainkreises.

1812-1823 Belegung von infolge des Nachwuchsmangels leer stehender Räume durch das Generalvikariat.

03.05.1831 Weihe der Seminarkirche St. Michael und Nutzung als Seminarkirche

1851 Nach der Auslagerung der Regierung aus dem Borgiasbau erfolgt ein Vergleich zwischen Universität und Kirche: Die Kirche verzichtet auf den Borgiasbau, die Universität auf ihre Räume im Regentenbau.

1928 Revision des Vertrages von 1851: Das Seminar erhält alle Gebäude des ehemaligen Jesuitenklosters zur Nutzung zurück.

16.03.1945 Zerstörung der Seminargebäude und der Seminarkirche durch den aliierten Bombenangriff. Inneneinrichtung der Kirche und der Dachstuhl verbrennen; die Außenmauern einschließlich der Fassade und die Gewölbe aber halten stand.

1946 Abdichtung der Gewölbe der Kirche gegen Regen und Schnee sowie zur Sicherung des verblieben Stucks (ca. 3/5). In der Folge Entscheidung zu einer Wiederherstellung der Raumschale unter Verzicht auf die erhaltenen Teile und mit äußerst bescheidener und sachlicher Ausstattung.

1948 Die ersten 30 Alumnen beziehen den wieder aufgebauten ersten Teil des Hauptbaus (- von der Einfahrt bis zum vorspringenden Mittelbau ausschließlich).

1950 Der Hauptbau wird vollständig fertig gestellt.

26.04.1955 Altarweihe in St. Michael durch Bischof Julius Döpfner. Die Kirche wird hinfort als Seminarkirche und bis zur Fertigstellung des Domes im Jahre 1968 als Firmkirche für das Würzburger Umland genutzt.

1958 Der Borgiasbau ist vollständig wiederhergestellt.

1959 St. Michael erhält seine neue Klais-Orgel.

1969 Der Regentenbau ist vollständig wiederhergestellt. Im zweiten Stock ist eine Hauskapelle für die Seminargemeinschaft entstanden, die Bischof Josef Stangl feierlich weiht.

20.06.1972 Die Gebäude des Seminars werden unter Wegfall der baulast und der seitens der Universität dem Seminar zustehenden Dotationen an den Bischöflichen Stuhl übereignet. Maßgeblich beteilt ist neben dem Regens Prof. Dr. Rudolf Weigand und dem Verwalter des Seminars Herrn Heizmann der Rektor der Universität Prof. Josef Schreiner.

1979 St. Michael erhält als letzte der Würzburger Kirchen wieder einen Turmhelm.

ab 1988 Künstlerische und liturgische Neugestaltung der Seminarkirche St. Michael durch Gerhard Bücker nach einem Konzept von Bischof Dr. Paul-Werner Scheele. Dabei Entdeckung, Freilegung und Erforschung der Reste des Agnesklosters.

1997-2003 Generalsanierung des Priesterseminars: Völlige Erneuerung der Infrastruktur und des Raumkonzeptes. Es entstehen neben 64 Studentenappartements und den entsprechenden Gemeinschaftsräumen auch neue Ausbildungsräume für den Seminarbetrieb, den Pastoralkurs und die Fortbildung der Priester bis zur 2. Dienstprüfung. Regens Gerhard Weber und Diözesanbaumeister Jürgen Schädel verantworten das inhaltliche und das bauliche Konzept. Am 05.11.2000 kann Bischof Dr. Paul-Werner Scheele den Hauptbau einweihen und am 04.05.2003 mit der Segnung der Pieta von Georg Hüter im Innenhof des Seminars die Sanierung abschließen.